Selv om probiotika anses som gunstig for helsen, kan første inntak av disse mikroorganismene for noen mennesker forårsake en rekke ubehagelige symptomer. Når de først tar probiotika, kan noen oppleve symptomer som oppblåsthet, diaré, hodepine, feber, muskelsmerter, hjernetåke og muligens angst. Disse symptomene antas å være en respons på endringer som skjer i kroppen, for eksempel bortfallet av potensielle patogener eller reaktivering av tarmresponser, et fenomen som noen ganger refereres til som "Herxheimer-reaksjonen."
Herxheimer-reaksjonen er en første reaksjon som vanligvis indikerer at kroppen tilpasser seg et nytt mikrobielt miljø. Dette kan skyldes at probiotika interagerer med det eksisterende mikrobielle samfunnet, forårsaker bakterienes død eller frigjøring av metabolitter som utløser disse symptomene. Selv om den er ubehagelig, er denne reaksjonen vanligvis kortvarig og avtar raskt. Det kan betraktes som en del av kroppens prosess med homeostase.
Dette påvirker vanligvis bare et lite antall mennesker, med symptomer som er milde og varer vanligvis bare noen få dager til noen uker. Hvis disse symptomene gjør deg ukomfortabel, kan du redusere dosen eller slutte å bruke den i noen dager før du prøver igjen; hvis disse symptomene vedvarer i mer enn noen få uker, slutt å bruke det; hvis du har kortpustethet, tett hals, elveblest eller andre allergiske reaksjonssymptomer, må du slutte å bruke det umiddelbart. For å redusere muligheten for bivirkninger, spesielt for de med sensitive fordøyelsessystem, er det lurt å starte med en liten mengde probiotika og deretter øke dosen over noen uker.
Probiotika må brukes med spesiell forsiktighet hos de med alvorlige immunsvikt, da i sjeldne tilfeller kan inntak av probiotika føre til infeksjon. Dette er fordi immunsystemet ikke effektivt kan kontrollere spredningen av mikroorganismer i kroppen, noe som forårsaker risiko for infeksjon.
Noen mennesker kan ha allergiske reaksjoner på visse typer probiotika, spesielt gjær relatert til Saccharomyces boulardii. Andre typer probiotika, som laktobaciller, utløser generelt ikke allergiske reaksjoner.
Noen probiotika kan produsere histamin i fordøyelseskanalen. Overdreven histaminfrigjøring kan forårsake symptomer som kløe, økt tåreproduksjon, rennende nese, pustevansker, rødhet og hevelse, spesielt for de med histaminintoleranse. Unngå disse probiotiske stammene for å forhindre ubehag.