Det er ni utfordringer å fokusere på når man inkorporerer probiotika i matmatriser. De er: 1. stammevalg, 2. stammeproduksjon, 3. hvordan inokulere mat, 4. hvordan man sikrer overlevelse under prosessering, 5. hvordan man unngår tap av levedyktighet under lagring, 6. hvordan man beregner [Probiotika] Koloniantall , 7. Effekter på matens sensoriske egenskaper, 8. [Bevaring av produkt] stabilitet i forbrukernes hjem, 9. Og spiller en rolle i mage-tarmkanalen.
Spesielt, i juice, bringer organiske syrer ofte pH-en til produktet under 4, noe som vil hemme overlevelsen av probiotika. Ved seleksjon bør de probiotika som tåler lav pH vurderes, slik som Lactobacillus over Bifidobacterium.